Als der gutmütige Highschool-Schüler Taiju endlich all seinen Mut aufbringt, Yuzuriha – das Mädchen seiner Träume – seine Liebe zu gestehen, wird der Himmel von einem gleissenden Licht erfüllt, das alle Lebewesen, die es erreicht, zu Stein werden lässt. Nach Tausenden von Jahren in Stein kann er sich wie durch ein Wunder befreien und untersucht die Gegend nach weiteren Überlebenden und dem Grund, warum nun alles so ist, wie es ist. Bei seiner Suche trifft er auf seinen guten Freund und Wissenschaftsgenie Senku, der schon über ein halbes Jahr früher seinem Steingefängnis entkommen konnte. Gemeinsam versuchen die beiden, die Weltbevölkerung zu retten und untersuchen, wie es zu diesem Ereignis gekommen ist. Bei ihrem Abenteuer treffen sie natürlich nicht nur auf Freunde.