Das Team von Star Fox kehrt mit dem Remake von Star Fox 64 in vollem 3D triumphal zu einer seiner grössten Missionen zurück. Das gesamte Star Fox-Universum breitet sich realistisch in den Tiefen des Nintendo 3DS-Bildschirms aus, während die 3D-Grafik dem Spieler ein klareres Verständnis von Entfernung und Position vermittelt. Dies macht das Spiel zugänglicher und intuitiver, wodurch sich die Spieler auf die Action konzentrieren können. Star Fox 64 3D nutzt auch die beiden Bildschirme des Nintendo 3DS-Systems, wobei der obere Bildschirm das 3D-Gameplay und der untere Bildschirm die verschiedenen Charaktere und ihre Dialoge zeigt.