In diesem Roguelike-RPG übernimmst du die Kontrolle über Reimu, die Hakurei-Schreinpriesterin, um den neuesten Vorfall in der Welt von Gensokyo zu untersuchen. Auf deinem Weg wirst du auf eine Vielzahl von Charakteren aus dem Touhou-Projekt-Universum treffen, Berge von Beute entdecken – jedes Stück davon ist dank des Item-Fusionssystems des Spiels wertvoll – und deine Fähigkeiten testen, während deine Lieblings-Touhou-Mädchen als Abenteuerpartnerin an deiner Seite sind in diesem zugänglichen Ansatz des Roguelike-Genres.

Eines Tages besucht Reimu Hakurei Rinnosuke Morichika in seinem Laden, Kourindo. Er zeigt ihr eines seiner wertvollsten Besitztümer, die goldene Kugel. Doch als sie sie berührt, entfesselt sie einen mysteriösen Lichtstrahl. Rinnosuke beginnt sich merkwürdig zu verhalten, und ein riesiger Turm steht nun an der Stelle, wo Kourindo einst war. Die Bevölkerung von Gensokyo wurde ebenfalls durch Klone repliziert, die Menschen auf Sicht angreifen. Als Hakurei-Schreinpriesterin ist es Reimus Pflicht, diesen neuesten Vorfall zu klären und den Frieden nach Gensokyo zurückzubringen.

Auf ihrem Weg wird sie von Futo Mononobe begleitet, die sich kürzlich auf eine Quest begeben hat, um eine erstklassige Weisen zu werden. Mit ihrer Partnerin an ihrer Seite, kann Reimu sich durch die Dungeons des Turms kämpfen und diesem Vorfall ein Ende setzen?.