Im Laufe der Fate-Serie haben Paare aus Meistern und heroischen Geistern, auch als Diener bezeichnet, in einer Reihe von Heiligen Gralskriegen im Laufe der Geschichte gekämpft. Das siegreiche Duo erhält ein antikes Artefakt, das Wünsche erfüllt. Fate/Samurai Remnant setzt den epischen Heiligen Gralskrieg der Serie im vierten Jahr der Keian-Ära im Japan der Edo-Zeit fort. Mehrere Jahrzehnte sind seit dem Ende einer turbulenten, blutigen Ära vergangen, und während die Menschen endlich Frieden und Ruhe geniessen, steht ein Kampf zwischen sieben Paaren von Meistern und ihren Dienern bevor, während das Waxing Moon Ritual im Schatten entfaltet wird. Hier findet sich der Held des Spiels, Miyamoto Iori, ein junger Mann aus Asakusa, zusammen mit seinem Diener Saber, im Kampf um das letzte verbleibende Paar, das das wunschgewährende Gerät, das Waxing Moon Vessel, erlangen kann.

In Fate/Samurai Remnant übernimmt der Spieler die Kontrolle über Meister Miyamoto Iori, der den Schwertkampfstil Niten Ichiryu studiert hat. Er kämpft an der Seite von Saber, einem Diener mit übermenschlicher Stärke. Bei Begegnungen mit Feinden, die über menschliche Kontrolle hinausgehen, können die Spieler ihren Diener befehlen, mit mächtigen magischen Techniken anzugreifen oder sogar die direkte Kontrolle über den Diener zu übernehmen, um anzugreifen. Dynamische Kampfszenen zwischen Dienern heben die Action auf ein neues Niveau und sind ein Muss für Fans der Serie.

Während des Spiels haben die Spieler die Möglichkeit, die Stadt Edo zu erkunden, in der sich terrassierte Häuser, Samurai-Residenzen und Bordelle nebeneinander befinden. Hier wimmelt es von Menschen auf den Strassen, und die Charaktere, mit einem unverwechselbaren japanischen Touch, werden zum Leben erweckt. Während sie der Geschichte folgen, können die Spieler mit verschiedenen Charakteren und Tieren in der Stadt interagieren, eine Vielzahl von Bereichen erkunden und sich verschiedenen Herausforderungen stellen, während sie um ihr Überleben im neuesten Krieg um den Heiligen Gral kämpfen.